De 25 april 1950 werd in Ambon de Republik Maluku Selatan -RMS- geproclameerd. Na de proclamatie heeft de Republiek Indonesië het gebied van de Zuid-Molukken met geweld aangevallen en met geannexeerd. Het verzet door de RMS heeft jarenlang geduurd. De strijd heeft door het militaire geweld van de zijde van Republiek Indonesië duizenden slachtoffers geëist.
De Republiek der Zuid-Molukken is naar internationaal recht een Staat en deze Staat leeft ondanks de Indonesische bezetting nog steeds voort. Deze opvatting wordt ondersteund door deskundigen op het terrein van het internationaal recht. Het meest recent zijn de legal opinions van prof. dr. E. de Brabandere (Universiteit Leiden) en dr. N. Higgins (Dublin City University).
De Zuid- Molukken zijn dan ook in strijd met artikel 2 (4) van het Handvest van de Verenigde Naties- door Indonesië bezet gebied. Het feit, dat de Republiek Indonesië door de VN in strijd met het internationaal recht is erkend, maar dit niet anders. Daarmee is de bezetting van de Zuid-Molukken nog niet rechtmatig geworden. Velen realiseren zich dan ook niet, dat de Zuid-Molukken door Indonesië zijn bezet en dat deze bezetting voortduurt. Een gelijke situatie zou van toepassing zijn op Nederland als aan de Duitse bezetting in 1945 niet dankzij de inzet van geallieerde militaire troepen Nederland zou zijn bevrijd.
In 1951 zijn ca. 4.000 Molukse KNIL-militairen met hun gezinsleden onvrijwillig naar Nederland overgebracht. Zij wilden terug naar de Zuid-Molukken, maar omdat daar de onafhankelijkheid was uitgeroepen en Indonesië bezig was met de militaire annexatie van de Zuid-Molukken werd dit hen verboden door de Nederlandse Regering.
Uiteindelijk heeft de Nederlandse regering besloten de militairen en hun gezinsleden naar Nederland over te brengen.
Hun verblijf in Nederland zou slechts voor tijdelijke – ca. 6 maanden- duur zijn.
De Molukse KNIL militairen werden vrijwel direct na aankomst uit militaire dienst
ontslagen. Achterstallig soldij is nimmer aan deze militairen voldaan. Zij werden voor een deel in voormalige concentratiekampen – zoals in kamp Westerbork en kamp Vught- gehuisvest. Eerst medio 60 e jaren werden de Zuid-Molukkers in den lande in woonwijken gehuisvest.
Het Zuid Molukse volk wordt sedert de gewelddadige bezetting door de Republiek Indonesië onderdrukt. Aanhangers van de Republiek der Zuid-Molukken worden gevangengenomen. Het enkel hijsen van de nationale vlag van de RMS is voldoende om aanhangers van de RMS te arresteren.
De politieke gevangenen van de RMS worden gemarteld en tot langdurige gevangenisstraffen veroordeeld. Tot op heden zitten meer dan 15 aanhangers van de RMS gedetineerd.
Amnesty International en Human Rights Watch hebben eerder de schending van de mensenrechten van de politieke gevangenen onderzocht en hierover gerapporteerd. Zij veroordelen deze ernstige schending van de politieke gevangenen van de RMS.
Aan de onderdrukking van het Zuid Molukse grondslag ligt ten grondslag, dat het territorium van de RMS een bezet gebied is. Het recht op zelfbeschikking van het Zuid Molukse volk wordt door Indonesië met geweld onderdrukt.
Op 12 april 1966 is de 2e president van de RMS – mr. dr. Chr. Soumokil- in opdracht van Soeharto de toenmalige president van Indonesië Soeharto door een vuurpeloton geëxecuteerd. Sedertdien is een regering in ballingschap van de Republiek der Zuid- Molukken opgericht. De regering in ballingschap is de legitieme vertegenwoordiger van de Republiek der Zuid-Molukken.